RSS Cientifico geral Biblioteca de referência de DNA barcodes de anfípodes (Crustacea: Amphipoda) da costa Portuguesa

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Breve resumo:
Os anfípodes são um grupo diverso de crustáceos que ocorrem em variados tipos de habitats aquáticos, sendo a maioria das espécies marinhas. Este estudo tem como objetivo contribuir para a implementação de uma biblioteca de referência de DNA barcodes de anfípodes da costa Portuguesa. A identificação de espécies de anfípodes com base na morfologia é uma tarefa frequentemente morosa, muito dependente de especialistas, e nem sempre bem-sucedida. Esta biblioteca de referência pretende constituir uma ferramenta taxonómica complementar, que permita aumentar a capacidade de monitorizar a biodiversidade e auxiliar a deteção de potenciais novas espécies de anfípodes que ocorram na costa continental Portuguesa. Os DNA barcodes consistem em sequências curtas de uma região padronizada do genoma que, no caso dos animais, compreende um fragmento com cerca de 658 pares de bases situado na extremidade 5 do gene mitocondrial que codifica a subunidade I do citocromo c oxidase (COI- 5P). Este estudo consistiu na compilação, análise e anotação de DNA barcodes de espécies de anfípodes da costa Portuguesa, compreendendo 325 sequências, 178 das quais geradas no âmbito de projetos liderados pela Universidade do Minho (UM) e 147 sequências publicadas obtidas em base de dados públicas. As distâncias intraespecíficas, congenéricas e confamiliares médias obtidas para o conjunto de dados da UM foram respetivamente de 0,40%, 17,94% e 17,97%. Com a totalidade das sequências, a divergência intraespecífica média foi de 0,47%, a distância congenérica média 16,80% e a distância confamiliar média 20,07%. No fenograma Neighbor-Joining construído com o modelo de substituição Kimura-2-parâmetros, 80% dos espécimes agrupou em clados monofiléticos com alto grau de suporte. O conjunto global das sequências analisadas, correspondendo a 85 morfoespécies, foi distribuído por 86 Barcode Index Numbers (BINs) que, depois de revistos, originaram 62 BINs concordantes, 5 BINs discordantes e 19 singletons. O sistema de classificação e anotação dos DNA barcodes indicou que 57,58% das espécies em estudo possuem congruência alta entre as identificações morfológicas e moleculares. Este estudo confirmou a capacidade do DNA barcodes para identificar espécies de anfípodes, mas foram observados valores de divergência intraespecífica comparativamente elevados em 6 espécies (Corophium multisetosum, Dexamine spiniventris, Gammarella fucicola, Jassa pusilla, Phtisica marina e Talitrus saltator). Os resultados sugerem a existência de unidades taxonómicas distintas nestas morfoespécies e a necessidade de revisão taxonómica.​



Info Adicional:
Os anfípodes são um grupo diverso de crustáceos que ocorrem em variados tipos de habitats aquáticos, sendo a maioria das espécies marinhas. Este estudo tem como objetivo contribuir para a implementação de uma biblioteca de referência de DNA barcodes de anfípodes da costa Portuguesa. A identificação de espécies de anfípodes com base na morfologia é uma tarefa frequentemente morosa, muito dependente de especialistas, e nem sempre bem-sucedida. Esta biblioteca de referência pretende constituir uma ferramenta taxonómica complementar, que permita aumentar a capacidade de monitorizar a biodiversidade e auxiliar a deteção de potenciais novas espécies de anfípodes que ocorram na costa continental Portuguesa. Os DNA barcodes consistem em sequências curtas de uma região padronizada do genoma que, no caso dos animais, compreende um fragmento com cerca de 658 pares de bases situado na extremidade 5 do gene mitocondrial que codifica a subunidade I do citocromo c oxidase (COI- 5P). Este estudo consistiu na compilação, análise e anotação de DNA barcodes de espécies de anfípodes da costa Portuguesa, compreendendo 325 sequências, 178 das quais geradas no âmbito de projetos liderados pela Universidade do Minho (UM) e 147 sequências publicadas obtidas em base de dados públicas. As distâncias intraespecíficas, congenéricas e confamiliares médias obtidas para o conjunto de dados da UM foram respetivamente de 0,40%, 17,94% e 17,97%. Com a totalidade das sequências, a divergência intraespecífica média foi de 0,47%, a distância congenérica média 16,80% e a distância confamiliar média 20,07%. No fenograma Neighbor-Joining construído com o modelo de substituição Kimura-2-parâmetros, 80% dos espécimes agrupou em clados monofiléticos com alto grau de suporte. O conjunto global das sequências analisadas, correspondendo a 85 morfoespécies, foi distribuído por 86 Barcode Index Numbers (BINs) que, depois de revistos, originaram 62 BINs concordantes, 5 BINs discordantes e 19 singletons. O sistema de classificação e anotação dos DNA barcodes indicou que 57,58% das espécies em estudo possuem congruência alta entre as identificações morfológicas e moleculares. Este estudo confirmou a capacidade do DNA barcodes para identificar espécies de anfípodes, mas foram observados valores de divergência intraespecífica comparativamente elevados em 6 espécies (Corophium multisetosum, Dexamine spiniventris, Gammarella fucicola, Jassa pusilla, Phtisica marina e Talitrus saltator). Os resultados sugerem a existência de unidades taxonómicas distintas nestas morfoespécies e a necessidade de revisão taxonómica.



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